Organi Farmaceutske komore Srbije su: Skupština komore, Upravni odbor, Nadzorni odbor, Etički odbor, Komisija za posredovanje, Direktor komore i Sud časti.
Skupština je najviši organ Komore, koji ima 100 članova. Broj članova Skupštine koji se biraju u pojedinom ogranku Komore utvrđuje se na osnovu procenta koji se dobija stavljanjem u odnos ukupno upisanih članova u pojedinom ogranku u odnosu na ukupno upisanih članova u Imenku Komore na dan donošenja Odluke o raspisivanju izbora.
Sastav Skupštine koja je konstituisana 9.5.2022. godine: Ogranak Beograd - 36, Ogranak Kragujevac - 25, Ogranak Vojvodina - 21 , Ogranak Niš sa KiM - 18.
Delegate u Skupštini biraju redovni članovi Farmaceutske komore Srbije na izborima za Skupštinu Komore koji se vrše u skladu sa odlukom o raspisivanju izbora. Mandat članova Skupštine traje četiri godine.
Pored zakonom utvrđenih poslova Skupština Komore, u okviru svojih nadležnosti obavlja i poslove koji su uređeni Statutom FKS. Skupština ima svoj Poslovnik o radu, kojim su bliže utvrđeni način i kriterijumi za njen rad. Radom Skupštine rukovodi predsednik Skupštine.
Na osnovu člana 13-15 Poslovnika o radu Skupštine Farmaceutske komore Srbije br.44/1-7 od 06.06.2006. godine i 127/3-5 od 04.11.2020. godine, Skupština Farmaceutske komore Srbije na sednici održanoj u Beogradu dana 09.05.2022.g donela je jednoglasno Odluku o verifikaciji mandata članovima Skupštine Farmaceutske komore Srbije izabranim na sprovedenim izborima koji su održani 27.3.2022. godine.
Na osnovu člana 19 stav 2 tačka 5 Zakona o komorama zdravstvenih radnika (Sl.glasnik RS, br.107/2005, 99/2010, 70/2017-odluka US) i člana 39. i 40. Statuta Farmaceustke komore Srbije (Sl.glasnik RS, br.156/2020 i 27/2022), Skupština Farmaceutske komore Srbije na sednici održanoj u Beogradu dana 9.5.2022. godine jednoglasno donela Odluku da se za predsednika Skupštine Farmaceutske komore Srbije bira Ivan Eftović, dipl. farm. spec. iz Beograd, a za zamenika predsednika Skupštine Ljiljana Terzić, dipl. farm. iz Užica
Predsednik Skupštine Komore: IVAN EFTOVIĆ iz Beograda
Zamenik predsednika Skupštine Komore: LJILJANA TERZIĆ iz Užica
Članovi Skupštine Farmaceutske komore Srbije
