Komora je osnovana u skladu sa Zakonom o komorama zdravstvenih radnika i Zakonom o zdravstvenoj zaštiti.

Direktor Farmaceutske komore Srbije zastupa i predstavlja Komoru, organizuje i rukovodi radom Komore i odgovoran je za zakonitost rada Komore.
Komoru predstavljaju i predsednik Skupštine Komore i predsednik Upravnog odbora Komore.

Članstvo u Komori obavezno je za sve dipomirane farmaceute/magistre farmacije koji kao profesiju u Republici Srbiji obavljaju poslove zdravstvene delatnosti u zdravstvenim ustanovama i privatnoj praksi.

Komora može imati počasne članove - izabrana lica koja su doprinela radu i uslovima za ostvarivanje interesa i ciljeva Komore.

Organi Komore su organizovani tako da obezbeđuju ravnopravnu zastupljenost svih ogranaka Komore, a isto tako obezbeđuju ravnopravno učešće u radu i odlučivanju onih farmaceuta koji obavljaju profesiju u zdravstvenim ustanovama i privatnoj praksi.

Komoru čine ogranci Komore kao organizacione jedinice, i to: Ogranak Beograd, Ogranak Vojvodina, Ogranak Niš sa KiM i Ogranak Kragujevac.